El área del conocimiento en Tecnología de procesamiento de los alimentos y otros productos de origen biológico se estableció en la Facultad de Ingeniería en 1975, como respuesta a la demanda de formación profesional en el área de Ingeniería de Procesos Agrícolas del programa académico de Ingeniería Agrícola, y complemento profesional en Tecnología y Control de Calidad de Alimentos para el programa académico de Ingeniería Química. En 1986, se amplió la oferta de formación con la apertura del programa académico de Tecnología de Alimentos.
Desde su constitución, el área de Tecnología de Procesamiento de los alimentos se estructuró dentro del Departamento de Procesos Químicos y Biológicos y se organizó para cubrir la cadena productiva desde la cosecha y el manejo en fresco, hasta el procesamiento y control de calidad de los alimentos. En un lapso de 20 años el área alcanzó un grado tal de desarrollo y autonomía académica, que se constituyó como Departamento de Ciencia y Tecnología de Alimentos mediante la Resolución No 039 del Consejo Superior de septiembre 25 de 1995 y posteriormente como Departamento de Ingeniería de Alimentos en noviembre 9 de 2001.
En febrero de 2007, el Consejo Superior mediante el Acuerdo No. 001 creó la Escuela de Ingeniería de Alimentos de la Universidad del Valle, como una unidad Académico-Administrativa de investigación y docencia y extensión adscrita a la Facultad de Ingeniería de la Universidad del Valle.